Убайдулла был сыном Махмуд-султана, младшего брата Шейбани-хана, он был назван в честь лидера накшбандийского учения, Убайдуллы Ходжа Ахрара, который был духовным наставником его отца. С самого детства Убайдулла-хан получал прекрасное образование. Он изучал хадисы у Ходжи Маулана Исфахани и правоведение у Махмуда Азизана. Его духовными наставниками были известные суфийские шейхи, такие как йеменский Саййид Абдуллах ал-Яманий и шейхи тариката Ясавия Шейх Худайдод Вали и Мансур.
Убайдулла сопровождал своего дядю, Шейбани-хана, в его военных походах, и в качестве удела получил Бухарскую область. Однако в ноябре 1510 года он не успел прийти на помощь Шейбани-хану, что привело к его поражению и гибели в битве с войсками Исмаила I Сефеви.
После смерти Шейбани-хана официальным правителем государства Шейбанидов был провозглашён его дядя Кучкунджи-хан (1510–1530). Однако, как отмечает историк Мирза Мухаммад Хайдар в своём труде «Тарих-и Рашиди», именно Убайдулла-хан, несмотря на древний обычай передачи власти старейшему, определял основную политику государства. Он следовал традициям и передавал титул хана тем, кто был старше, пока после смерти Абу Саид-хана в 1533 году сам не стал самым старшим и не взошёл на трон.
Правление Убайдуллы-хана пришлось на критический период, когда судьба Мавераннахра и Хорасана висела на волоске. После захвата Герата в 1510 году шах Исмаил I Сефеви приказал ввести шиитскую формулу в хутбу, что вызвало волну сопротивления. За отказ это сделать были казнены многие религиозные деятели, включая шейх-уль-ислама Герата, правнука известного богослова Са‘дуддина Тафтазани.
В этот решающий момент Убайдулла-хан собрал войска и в 1512 году разгромил объединённые силы последнего тимурида Бабура и сефевидов в знаменитой Гиждуванской битве. Эта победа имела огромное историческое значение, так как она не только спасла страну от завоевания Ираном, но и сохранила традиционное суннитское направление ислама в Средней Азии. Вероятно, именно после этого триумфа Убайдулла-хан получил прозвище Муизз ад-дин, что означает «прославляющий веру».
Убайдулла-хан стремился расширить границы своего государства. Он вёл длительное военное противостояние с Исмаилом I Сефеви, которое продолжалось около десяти лет. Дважды, в 1529 и 1536 годах, ему удавалось захватывать Герат. Он пять раз вторгался в Хорасан, но попытки окончательно присоединить его к государству не увенчались успехом.
Чтобы ослабить Сефевидов, Убайдулла-хан заключил союз с османским султаном Селимом I. Их совместные действия, особенно после Чалдыранской битвы 1514 года, позволили оказать серьёзное давление на Иран. Убайдулла также поддерживал дипломатические отношения с Китаем, куда в 1536 году прибыли его послы.
Несмотря на сложную военную обстановку, Убайдулла-хан уделял большое внимание развитию науки и культуры. Он был глубоко образованным человеком, свободно владевшим тюркским, персидским и арабским языками. Он сам писал стихи под псевдонимом Убайдий, и до наших дней дошли сборники его произведений, включая поэмы «Сабрнома», «Шавкнама» и «Гайратнама». Он мастерски декламировал Коран и даже написал к нему комментарии на тюркском языке.
Убайдулла-хан был не только поэтом, но и каллиграфом, музыкантом и певцом. Его столица, Бухара, в годы его правления превратилась в крупный культурный центр, сравнимый с Гератом времён Султана Хусайна. Убайдулла-хан считается основателем первой настоящей китабхане (библиотеки) в Бухаре и покровителем местной школы миниатюрной живописи.
По его приказу в Бухаре было построено знаменитое медресе Мири Араб (1530–1536) в дар его духовному наставнику Абдулле Яманий. В присырдарьинском городе Сауране в 1515 году было возведено ещё одно медресе, а в его стенах был найден автограф произведения «Сулук ал-мулук» («Правила поведения государей»), написанного Фазлаллахом ибн Рузбиханом Исфахани для Убайдуллы в 1514 году.
Убайдулла-хан скончался в 1540 году и был похоронен в северном крыле медресе Мир Араб в Бухаре, рядом со своим учителем Абдуллой Йамани Хазармавти. Его уход, усилил политическую раздробленность в государстве многочисленные шейбаниды начали борьбу за трон, что привело к периоду междоусобиц. Тем не менее, его правление оставило неизгладимый след в истории, и он остался в памяти как выдающийся правитель, который не только защитил независимость и веру своего народа, но и способствовал расцвету науки и культуры.
