В 116 году до н. э. Египет погрузился в траур и неопределенность, ведь скончался Птолемей VIII Эвергет. Его завещание было необычным даже по меркам Лагидов: трон наследовала его вдова Клеопатра III вместе с тем из сыновей, кого она сама соблаговолит выбрать. Царица, движимая жаждой абсолютной власти, сделала ставку на младшего — Александра, полагая, что он будет более послушным инструментом в её руках.
Однако александрийская толпа, всегда имевшая свое мнение о престолонаследии, решительно воспротивилась этому. Клеопатре пришлось уступить народному гневу и вызвать из Кипра старшего сына, двадцатипятилетнего Птолемея IX. Он взошел на трон под величественным именем Птолемей Филометор Сотер («Любящий мать Спаситель»). Ирония этого имени не укрылась от современников: историк Павсаний едко замечал, что вряд ли нашелся бы другой царь, которого мать ненавидела бы столь искренне как его. Прозвище же Лафур (или Латир), вероятно, было очередной александрийской остротой, смысл которой сегодня утрачен, но которая явно не добавляла монарху пафоса.
Первые годы правления Лафура прошли под полным контролем Клеопатры III. Она даже распорядилась его личной жизнью, насильно разлучив его с любимой сестрой-женой Клеопатрой IV и заставив жениться на другой сестре — Клеопатре Селене. В 115 году до н. э. мать и сын совершили торжественное путешествие по Верхнему Египту, достигнув Элефантины, чтобы продемонстрировать единство власти, но за этим фасадом зрела катастрофа.
Отвергнутая Клеопатра IV не смирилась со своей участью. Она отправилась на Кипр, собрала там армию и предложила свою руку и войско претенденту на сирийский престол Антиоху Кизикену. Это превратило династический конфликт Селевкидов в кровавую «войну сестёр»: Клеопатра IV противостояла своей старшей сестре Трифене, жене Антиоха Грипа. В 112 году до н. э. Трифена приказала убить сестру прямо в храме Аполлона, отрубив ей руки, которыми та цеплялась за алтарь. Год спустя Кизикен отомстил, принеся Трифену в жертву духу своей убитой жены. Египетский двор наблюдал за этим безумием, понимая, что следующая схватка произойдет уже на берегах Нила.
В 107 году до н. э. Клеопатра III решилась на переворот. Поводом послужило то, что Лафур без её ведома отправил 6000 воинов на помощь сирийскому союзнику. Царица разыграла спектакль: она вывела к народу израненных евнухов, утверждая, что сын пытался её убить. Александрийцы, легко поддающиеся эмоциям, изгнали Лафура. Он бежал на Кипр, оставив жену и детей в руках своей матери.
Клеопатра вызвала младшего сына Александра I, но Лафур не собирался сдаваться. Находясь на Кипре, он превратил остров в мощный плацдарм. Когда в Сирии и Палестине началась смута, Лафур вмешался, осадив Птолемаиду по просьбе местных жителей. Это привело к его столкновению с иудейским царем Александром Яннаем. В битве при Асофоне у реки Иордан Лафур одержал блестящую тактическую победу, несмотря на численное превосходство иудеев.
Историки Николай Дамасский и Страбон описывают ужасающий эпизод этой кампании: чтобы деморализовать бегущего врага, Лафур приказал своим воинам рубить женщин и детей в захваченных деревнях и бросать их части в котлы с кипятком, создавая ложное впечатление, что его армия состоит из людоедов.
Клеопатра III, опасаясь, что сын через Палестину вернется в Египет, лично возглавила армию и флот. Около 102 года до н. э. война закончилась фактически ничем, Лафур вернулся на Кипр, а Клеопатра в Александрию. Вскоре после этого, в 101 году до н. э., царица скончалась. Ходили слухи, что Александр I приказал её убить, не вынеся материнского гнета.
В 88 году до н. э. Александр I, потерявший поддержку армии и народа, был убит, и Лафур триумфально вернулся на египетский трон. К этому времени он уже был зрелым мужчиной около пятидесяти четырех лет. Его соправительницей стала дочь Береника III.
Второй период правления (88–81 гг. до н. э.) был омрачен мощнейшим национальным восстанием в Верхнем Египте. Центром мятежа стали древние Фивы. Лафуру потребовалось три года, чтобы подавить сопротивление. Расправа была беспощадной: великий город был разрушен настолько, что, по словам Павсания, от его былого блеска не осталось и следа.
Несмотря на войны, Лафур оставил значительный след в архитектуре Египта. Он активно строил и украшал храмы, стремясь подчеркнуть свою роль как истинного фараона:
Дендера: заложен фундамент и крипты знаменитого храма Хатхор.
Эдфу: завершение работ на прилегающей территории, включая грандиозный передний двор с тридцатью колоннами.
Филы и Мединет-Абу: новые надписи и перестройка пилонов.
В мировой политике Лафур проявил себя как осторожный дипломат. Когда в 87-86 году до н. э. к нему явился римлянин Луций Лукулл с просьбой о помощи против Митридата Понтийского, царь оказал ему царский прием, но в помощи отказал, не желая ссориться ни с Римом, ни с Понтом. В то же время он щедро помог Афинам восстановиться после погрома, учиненного Суллой, за что афиняне почтили его статуями.
Птолемей IX Сотер II скончался в 81 (или 80) году до н. э. в возрасте около 62 лет. Его характер представлял собой странную смесь мягкости в семейных делах и леденящей душу жестокости на поле боя. Он стал последним из Птолемеев, кто смог на время восстановить былое единство Египта и Кипра до того, как тень Рима окончательно накрыла долину Нила.
