Мухаммед Шейбани родился в 1451 году. Он был внуком Абулхайр-хана, основателя Узбекского ханства, и сыном Шах Будаг-хана. Мать его звали Ак-Кози-бийим. Шейбани-хан был хорошо образован, учился в медресе Бухары, где его наставниками были известные суфийские шейхи, такие как Мухаммад Хитайи и Джамал ад-дин Азизон. По преданию, один из его наставников, шейх Мансур, предсказал ему великое будущее правителя, посоветовав начинать завоевания с окраин государства, что он впоследствии и сделал.
После ранней смерти отца он и его брат Махмуд-султан воспитывались у своего деда Абулхайр-хана. После смерти деда в 1468 году Узбекское ханство оказалось в состоянии политической нестабильности. В это время Шейбани-хан начал свою политическую деятельность, стремясь вернуть под свой контроль города на реке Сырдарье. Он был вынужден скитаться по степям, ища союзников и сражаясь со своими врагами, включая казахских ханов Керея и Жанибека. В 1471 году он потерпел поражение от казахских султанов и бежал.
Шейбани-хан был человеком огромной воли, ума и храбрости. Он постоянно боролся за власть в степях Дешт-и-Кипчака. Ему удалось заручиться поддержкой ногайского бия Мусы, который хотел поставить его ханом, чтобы ослабить власть казахских султанов. Однако этот союз не принёс ему успеха.
В 1472 году Шейбани-хан, находясь в Астрахани, совершил набег на владения хана Большой Орды Ахмата, который в это время осаждал русские земли. Это нападение вынудило Ахмата прервать поход на Русь и вернуться в Поволжье, что косвенно помогло русским в дальнейшем сбрасывании ига.
В 1488 году Шейбани-хан овладел городом Туркестан, который стал его главной базой для походов в Мавераннахр. В последующие годы он успешно воевал с Тимуридами, воспользовавшись их междоусобицами. В 1485 году он захватил города Сыгнак, Аркук и Узгенд. К 1490-м годам он перешёл на службу к ташкентскому правителю Султан Махмуд-хану, что помогло ему укрепить свои силы.
В 1499 году Шейбани-хан, собрав верное ему войско, начал поход на юг. Он вмешался в борьбу за власть между Тимуридами и начал захват их владений. В 1501 году он окончательно овладел Самаркандом и сделал его столицей своего государства. Он провозгласил себя «имамом своего времени и милосердным халифом», утвердив свою роль как светского, так и духовного лидера. В 1503 году его послы прибыли ко двору минского императора, что свидетельствует о его широких дипломатических связях.
В 1507 году Шейбани-хан захватил Герат, столицу Хорасана, и сверг власть Тимуридов. Он объединил под своей властью обширные территории, простиравшиеся от берегов Сырдарьи до Кандагара и от Каспийского моря до границ Китая. Он провёл денежную реформу в 1508 году, унифицировав монеты и укрепив экономику.
Шейбани-хан был не только военачальником, но и покровителем наук и искусств. Он сам писал стихи на тюркском языке под псевдонимом «Шибани», и его диван (сборник стихов) хранится в Стамбуле. Он также написал философско-религиозное произведение «Бахр ул-худо» и был автором исторического произведения «Таварих-и гузида-йи нусрат-наме». Он собрал при своём дворе талантливых поэтов и учёных, в том числе Камала ад-дина Бинаи, Мухаммеда Салиха и Фазлаллаха ибн Рузбихана, которые бежали от религиозных преследований в Иране.
Шейбани-хан активно занимался градостроительством и развитием ирригационной системы. Он построил мост через реку Зерафшан, замок в Карши, мечети и медресе в Туркестане и Самарканде. Его медресе в Самарканде, разрушенное в советские годы, было крупным образовательным центром, где сам хан участвовал в научных диспутах.
В 1510 году Шейбани-хан столкнулся с новой угрозой со стороны сефевидского шаха Исмаила I, который объявил шиизм государственной религией и начал преследовать суннитов. Шах Исмаил, воспользовавшись неудачами Шейбани-хана в борьбе с хазарейцами, вторгся в Хорасан. Шейбани-хан, чьи основные войска находились в Мавераннахре, был вынужден отступить в Мерв.
Шах Исмаил осадил Мерв, но не смог взять город. Он прибег к хитрости, притворившись, что отступает, чтобы выманить хана на бой. По преданию, жена Шейбани-хана, Могул-хонум, устыдила его, сказав: «И ты, будучи узбеком, боишься кызылбашей!». Поддавшись на провокацию, Шейбани-хан с небольшим пятитысячным войском вышел из города, попал в засаду и 2 декабря 1510 года в битве при Мерве был разгромлен и убит.
Шах Исмаил приказал отрубить голову Мухаммеду Шейбани, а его череп, согласно легенде, превратил в кубок для вина. Обезглавленное тело Шейбани-хана было похоронено в Самарканде. Его мавзолей был разрушен в XX веке, а надгробный камень хранится в Эрмитаже. После его смерти власть в Мавераннахре и Хорасане перешла к шаху Исмаилу и Бабуру, но уже в 1512 году его племянник Убайдулла-хан восстановил власть Шейбанидов в регионе.
