Тагай бий, также известный как Мухаммед Кыргыз, вошёл в историю как первый предводитель, которому удалось объединить «правое» и «левое» крыло кыргызов, проживавших на территории современного Кыргызстана. Он осознавал, что будущее его народа зависит от единства, силы и независимости, и проводил соответствующую внешнюю политику, направленную на укрепление связей с родственными племенами. В 1508 году он был объявлен ханом кыргызов.
В начале XVI века политическая обстановка в Центральной Азии была крайне нестабильной. После смерти Шейбани-хана его империя распалась на несколько мелких владений, таких как Бухарское и Хивинское ханства. Эта феодальная раздробленность привела к ослаблению государств и усилению угрозы со стороны соседей. В это время в кыргызском обществе происходил активный процесс феодализации, а роль родовой аристократии, биев, возрастала. Кыргызский народ, осознав свою силу, решил покончить с традицией, по которой власть могла передаваться только потомкам Чингисхана, и избрал своим правителем Мухаммеда.
Мухаммед Кыргыз начал свою деятельность с активной борьбы за полное освобождение кыргызов от власти Моголистана. Он умело использовал раздоры между могольскими правителями и поддержал одного из претендентов на престол — Султан-Саида. Благодаря военной помощи кыргызов, Султан-Саид в 1514 году успешно завоевал города Кашгар, Яркенд и Хотан, распространив свою власть на весь Восточный Туркестан.
Однако Султан-Саид оказался коварным союзником. Увидев богатые пастбища кыргызских земель, он нарушил союзнический договор. В 1517 году, обвинив кыргызов в неуважении к исламу и грабежах, он во главе большой армии вторгся на их земли. Мухаммед Кыргыз, не ожидавший предательства, спешно собрал войско и встретил бывшего союзника на берегу Иссык-Куля, в местности Барскоон. Несмотря на упорное сопротивление, кыргызы потерпели поражение, а сам Мухаммед был схвачен и брошен в Кашгарский зиндан.
Султан-Саид надеялся, что пленение Мухаммеда позволит ему установить полный контроль над Кыргызстаном. Однако его ставленники не смогли удержать власть, поскольку кыргызы продолжали сопротивление. Могольский хан понял, что ему нужен Мухаммед для умиротворения народа. В 1522 году он освободил Мухаммеда из заточения и назначил его своим наместником в Кыргызстане, отправив вместе с ним своего сына Рашида, который должен был стать реальным правителем.
Поначалу всё шло по плану и племена кыргызов признали власть Мухаммеда. Но на деле он не собирался выполнять приказы моголов. Мухаммед тайно искал пути для создания союза с казахами и узбеками, чтобы изгнать Рашида и восстановить полную независимость. В 1524 году он заключил союз с казахским султаном Тахиром, но в решающий момент Тахир не оказал ему поддержки. Могольский хан узнал об этом заговоре. Мухаммед был вновь схвачен и отправлен в Кашгар, где провёл в заточении до смерти Султан-Саида в 1533 году.
После второго пленения Мухаммеда, кыргызы полностью отказались признавать власть моголов. Они заключили прочный военно-политический союз с казахами Семиречья. В 1526 году объединённые силы кыргызов и казахов вынудили Рашида бежать из Кыргызстана. Посланные ему на помощь могольские войска, столкнувшись с объединёнными силами противника, не решились вступить в бой и покинули территорию, прихватив с собой огромные табуны. Этот поход был прозван в народе «бараньим».
Султан-Саид так и не смог подчинить кыргызов, а после его смерти власть перешла к его сыну Рашиду, который, помня о своём унижении, продолжил разорительные набеги на кыргызские земли. В 1537 году произошло крупное сражение, в котором кыргызы и казахи понесли огромные потери, но и моголы потеряли убитыми множество воинов. В той битве погиб казахский хан. Однако и это не сломило их дух. Сын Рашид-хана, Абд ал-Латиф, предпринял новые походы, но был убит кыргызским воином.
Вскоре, однако, между кыргызами и казахами возникли внутренние разногласия, что привело к распаду их союза. Рашид-хан воспользовался этим моментом, разгромив обе стороны в битве, в которой погиб Хакк-Назар хан. Казахские племена отступили, но кыргызы остались на Тянь-Шане, продолжив борьбу. Несмотря на мощный натиск моголов, они отстояли свою независимость, доказав, что сила народа заключается не только в численности, но и в стойкости духа.
