Генрих родился в 1553 году в городе По, в замке своего деда. Согласно легенде, сразу после рождения его губы натерли чесноком и смочили вином для защиты от болезней. Его мать, Жанна д’Альбре, будучи убеждённой кальвинисткой, воспитала его в духе протестантизма, несмотря на католическое крещение.
С 1561 года Генрих жил при французском дворе, где его религия была предметом конфликта между родителями. Во время первой Религиозной войны он жил в замке Рене Французской, который стал оплотом религиозного нейтралитета. После смерти отца Генрих остался при дворе как гарант мира между Францией и Наваррой. В 1568 году он принял участие в своей первой военной кампании — Третьей религиозной войне, сражаясь под руководством адмирала Гаспара де Колиньи.
В 1572 году, после смерти матери, Генрих стал королём Наварры. Сразу после это состоялся его политический брак с Маргаритой Валуа, сестрой короля Карла IX, свадьба состоялась 18 августа 1572 года и была она задумана Екатериной Медичи как ловушка.
Спустя несколько дней, 24 августа 1572 года, в Париже началась массовая резня гугенотов под названием Варфоломеевская ночь. Генрих избежал смерти лишь благодаря своему высокому положению и вынужденному обращению в католицизм.
Вынужденный оставаться при французском дворе в течение трёх лет, Генрих сблизился с братом короля Франциском Алансонским. В 1576 году он бежал, воссоединился со своими сторонниками и вновь перешёл в протестантизм
В 1584 году умер бездетный Франсуа, герцог Анжуйский, что сделало Генриха Наваррского, как прямого потомка Людовика IX по мужской линии, законным наследником французского престола. Однако король Генрих III под давлением Гизов объявил протестантов вне закона, начав Войну трёх Генрихов.
Генрих Наваррский проявил себя в этой войне как талантливый полководец. В 1587 году он разбил королевскую армию при Кутра, а убийство Генриха де Гиза в 1588 году примирило его с королём Генрихом III. 30 апреля 1589 года оба Генриха подписали трактат о союзе.
2 августа 1589 года, после убийства Генриха III монахом-фанатиком Жаком Клеманом, Генрих Наваррский был провозглашён королём Франции Генрихом IV.
Три четверти подданных и католическая Лига отказались признавать короля-протестанта. Ослабленный Генрих был вынужден снять осаду с Парижа, но одержал решающие победы в битве при Арк-ла-Батай 29 сентября 1589 года, в битве при Иври-ла-Батай 14 марта 1590 года, в этой битве он героически повёл солдат в атаку, одержав победу, что позволило ему начать блокаду Парижа.
Истощение военных сил и недостаток финансирования подтолкнули Генриха к политически необходимому шагу. 25 июля 1593 года он торжественно отрёкся от протестантизма в базилике Сен-Дени. С этим событием связана легендарная фраза: «Париж стоит мессы».
Генрих IV короновался 27 февраля 1594 года в Шартрском соборе нарушив тем самым традицию коронации в Реймсе. 22 марта 1594 года он вступил в Париж, а 17 сентября 1595 года получил отпущение грехов от Папы Клемента VIII, что обеспечило постепенное присоединение оставшейся части католической знати.
В 1595 году Генрих IV официально объявил войну Испании, которая поддерживала Лигу. Война велась тяжело, но покорение Бретани позволило королю сосредоточиться на мире.
30 апреля 1598 году был подписан Нантский эдикт – этот важнейший акт восстановил религиозные свободы гугенотов, дал им право занимать государственные должности и владеть крепостями. Он положил конец десятилетиям Религиозных войн, а Вервенский мир 2 мая 1598 года завершил войну с Испанией, принеся Франции мир.
После десятилетий хаоса Генрих IV, опираясь на одарённых советников, таких как герцог Сюлли и экономист Бартелеми де Лаффема, начал возрождение страны. Его часто называли «Добрый король Анри» (le bon roi Henri).
При Генрихе была сформулирована сельскохозяйственная направленность экономики, «пастбище и пахота — вот две кормилицы Франции». Генрих заявлял, что хочет, чтобы каждый подданный был в состоянии положить «курицу в горшок по воскресеньям».
Была также создана мануфактура гобеленов, учреждена культура шёлка, вырыт первый судоходный Бриарский канал.
В 1607 году Генрих IV официально присоединил свои личные феодальные владения включая Королевство Наварра и Беарн к королевскому домену. Это стало последним крупным расширением домена за счёт внутрифранцузских феодальных владений и завершило многовековой процесс объединения Франции.
Генриха также приказал построить Большую Галерею в Лувре, а также новые площади в Париже, включая Королевскую площадь (ныне площадь Вогезов).
Генрих поддержал экспедицию Самуэля де Шамплена, положившую начало колонизации в Канаде.
Генрих IV не имел законного наследника от Маргариты Валуа, поэтому в 1599 году добился аннулирования брака. В декабре 1600 года он женился на Марии Медичи. Рождение в следующем году дофина Людовика (будущего Людовика XIII) укрепило положение династии.
Конец его правления был омрачён обострением отношений с Габсбургами и многочисленными покушениями (на него было совершено не менее 19 покушений).
14 мая 1610 года, на узкой парижской улице Рю-де-ля-Ферронри, Генрих IV был убит католическим фанатиком Франсуа Равальяком. Убийца вскочил в карету и нанёс королю два смертельных удара ножом, один из которых поразил лёгкое и рассёк аорту. Король скончался в Лувре.
Преемником Генриха стал его восьмилетний сын Людовик XIII, при регентстве своей матери Марии Медичи. Деятельность Генриха IV сделала его идеализированным героем в памяти народа, символом мира, благосостояния и объединения Франции.
