В 1860-е годы Российская империя, возобновив активную экспансию в Средней Азии, стремилась обезопасить свои южные границы. В ходе походов были взяты ключевые крепости региона, и к 1867 году на новых территориях было образовано Туркестанское генерал-губернаторство.
В это время в Кокандском ханстве, ослабленном междоусобными войнами и зависимостью от Бухары, пришёл к власти Худояр-хан. Опасаясь своего могущественного бухарского соседа, он пошёл на сближение с Россией. В 1868 году был подписан договор, по которому Худояр-хан признавал за Россией все её территориальные приобретения и фактически отказывался от самостоятельной внешней политики.
Однако внутренняя политика хана привела к росту напряжённости. Из-за десятилетий войн казна была пуста, и Худояр-хан ввёл непосильные налоги и поборы, что вызывало массовое недовольство. Особенно страдали кипчаки, которые ранее занимали привилегированное положение, но были лишены власти Худояр-ханом, благоволившим оседлым сартам.
Российская администрация в Ташкенте, осознавая опасность социального взрыва, неоднократно рекомендовала хану снизить налоги. Но Худояр-хан игнорировал эти советы. Ситуация обострилась, когда в 1875 году в Коканд прибыла русская дипломатическая миссия. Местные жители, увидев вооружённый отряд, восприняли это как доказательство сговора хана с русскими, что послужило поводом к открытому восстанию и призыву к джихаду.
Восстание возглавили Абдурахман-автобачи и Пулат-хан. Войска, посланные Худояр-ханом для подавления мятежа, в полном составе перешли на сторону восставших. Худояр-хан, поняв, что ему грозит смерть, бежал под защиту русских.
В августе 1875 года войска повстанцев под знамёнами ислама вторглись на русские территории и осадили Ходжент. Однако гарнизон под командованием полковника Савримовича успешно отбил все нападения.
В сентябре 1875 года Генерал Кауфман во главе отряда из 16 рот, 8 сотен и 20 орудий нанёс сокрушительное поражение 50-тысячной армии повстанцев под командованием Абдурахмана-автобачи в битве при Махраме. Потери кокандцев составили более 2000 человек, в то время как русские потеряли всего 6 человек убитыми.
После этой победы русские войска заняли Коканд, и Насриддин-хан, сын Худояра, подписал мирный договор. По нему Кокандское ханство отказывалось от самостоятельной внешней политики и передавало России «Наманганское бекство». Однако этот договор не принёс мира.
В октябрь 1875 года в ханстве вспыхнуло новое восстание. Пулат-хан был провозглашён ханом, а Насриддин-хан бежал. Восставшие вновь напали на русские гарнизоны, но столкнулись с жёстким сопротивлением.
В это время Генерал Михаил Скобелев возглавил кампанию по подавлению восстания. Он разгромил кипчаков у Балыкчи и взял штурмом Андижан.
Окончательно подавленный Абдурахман-автобачи сдался, а Пулат-хан был схвачен и казнён.
В январе 1876 года генерал Кауфман получил от императора Александра II разрешение на полную ликвидацию Кокандского ханства. 20 февраля 1876 года был обнародован указ о включении его территории в состав Российской империи в качестве Ферганской области. Военным губернатором был назначен Михаил Скобелев.
С ликвидацией ханства Россия провозгласила себя его правопреемницей. Это означало, что к ней перешли не только Ферганская долина, но и Южная часть Кыргызстана вплоть до предгорий Памира, которые ранее находились под властью Коканда.
Таким образом, Кокандское восстание, которое началось как выступление против непопулярного хана, привело к полной утрате независимости Кокандским ханством и его окончательному включению в состав Российской империи.
