В начале XVII века в Японии был основан сёгунат Токугава, который на два с половиной столетия стал фактическим правителем страны. Главой государства считался сёгун, в подчинении которого находились около 180 феодалов, известных как даймё. Даймё имели автономные владения, но их браки и право на земли зависели от сёгуна. В 1615 году первый сёгун из династии Токугава, Токугава Иэясу, и его сын Токугава Хидэтада, который к тому времени уже был сёгуном, учредили «Установления для императора и придворных», согласно которым император должен был посвящать своё время наукам и искусствам.
Императоры жили в дворце Госё в Киото, практически не покидая его, и их основной обязанностью считалось исполнение ритуалов. Хотя сёгун принимал решения самостоятельно, он формально считался назначенным только после указа императора.
В начале XIX века ситуация начала меняться. В 1853 году в Японию прибыла эскадра американских «чёрных кораблей» под командованием коммодора Мэтью Перри, который пригрозил военными действиями, если Япония откажется открыть свои порты для торговли.
Сёгунат, столкнувшись с этим кризисом, впервые за 250 лет обратился за советом к Императорскому Двору. После смерти сёгуна Токугавы Иэёси в июне 1853 года и восхождения на пост его преемника Токугавы Иэсады, японское правительство заключило «неравные договоры» с западными державами. Первый такой договор был подписан с Америкой 3 марта 1854 года. 7 февраля 1855 года был заключён Симодский трактат, первый дипломатический договор с Россией, который открывал для русских кораблей порты Симода, Хакодатэ и Нагасаки. Император Комэй был разгневан этими действиями и угрожал отречением.
Будущий император Муцухито родился 3 ноября 1852 года и получил имя Сатиномия. Его мать, Накаяма Ёсико, была фрейлиной императора Комэя. Воспитанием принца занималась его прабабушка. Муцухито родился в период, когда Япония переживала кризис, вызванный появлением европейских и американских кораблей. 16 августа 1860 года он был признан наследником и получил взрослое имя Муцухито. В этот период он начал своё классическое образование, хотя и отмечалось его безразличие к учёбе.
В начале 1860-х годов сёгунат Токугава оказался под угрозой. Иностранные державы стремились усилить своё влияние, а многие даймё и молодые самураи, известные как «сиси», выступали против сёгуната и за восстановление власти императора. В 1863 году сиси убедили императора Комэя принять «Указ об изгнании варваров», что поставило сёгунат в трудное положение, так как он не мог исполнить указ. В 1866 году сёгуном стал Токугава Ёсинобу, который попытался провести реформы по западному образцу, но встретил сопротивление. В январе 1867 года император Комэй умер, что вызвало подозрения в отравлении, так как его смерть была очень выгодна для революционеров.
3 февраля 1867 года Муцухито формально вступил на хризантемовый трон. В конце 1867 года политическое противостояние достигло пика, когда повстанцы захватили императорский дворец. 4 января 1868 года император торжественно провозгласил «восстановление» императорского правления. Это событие стало известно как Реставрация Мэйдзи. В сентябре 1868 года была провозглашена новая эра Мэйдзи («просвещённое правление»), и название города Эдо было изменено на Токио («восточная столица»). В 1889 году Токио официально стал столицей страны.
В 1869 году Муцухито женился на Итидзё Харуко, которая стала первой императрицей, получившей титул кого («жена императора»).
После Реставрации Мэйдзи был сформирован государственный совет, который впоследствии возглавили три основных министра. Император провозгласил Клятву Пяти пунктов 7 апреля 1868 года, которая отменяла феодализм и провозглашала современное демократическое правительство. Хотя формально был создан парламент, реальная власть оставалась в руках гэнро (олигархии), состоящей из даймё и самураев, возглавивших Реставрацию. В 1871 году по указу императора автономные владения даймё были отменены, и страна была поделена на 72 префектуры. Самураи постепенно лишились своих привилегий, что привело к их финансовым трудностям.
Эпоха Мэйдзи стала периодом стремительной модернизации и индустриализации Японии, что позволило ей превратиться в могущественную державу в регионе. В эту эпоху начался японский милитаризм и колониальная экспансия. Роль самого императора Мэйдзи в этих событиях остаётся предметом споров. Хотя он формально был главой государства, неизвестно, насколько он влиял на политические и военные решения. Некоторые его стихотворения говорят о нём как о пацифисте, желавшем избежать войны.
Император Мэйдзи, страдавший от диабета, нефрита и гастроэнтерита, скончался от уремии. Хотя официальные источники указывали, что его смерть наступила 30 июля 1912 года, на самом деле он умер вечером 29 июля. После его смерти парламент принял резолюцию об увековечении его памяти. На месте сада, который он любил, была построена святыня Мэйдзи Дзингу.
