Первые сполохи монгольской угрозы осветили границы сельджукских владений еще в 1231–1232 годах. Тогда передовые отряды под командованием Чормагана совершали дерзкие рейды, доходя до стен Сиваса и Малатьи. Великий султан Ала ад-Дин Кей-Кубад I, обладавший исключительным политическим чутьем, сумел на время отвести беду. В 1236 году, после требований монголов о регулярной дани, он заключил мирный договор с великим ханом Угэдэем, обеспечив своей стране краткую передышку.
Однако со смертью Кей-Кубада и воцарением его сына, Кей-Хосрова II, ситуация резко обострилась. Султанат раздирали внутренние противоречия, кульминацией которых стало кровопролитное восстание Баба Исхака. Ослабленное и изнуренное междоусобицами государство стало легкой добычей. В конце 1242 года монгольский военачальник Байджу-нойон подступил к Эрзеруму. После двухмесячной осады город пал, что стало для Кей-Хосрова сигналом к немедленному действию.
Осознав масштаб угрозы, султан объявил спешную мобилизацию. Под знамена сельджуков встали не только их собственные войска, но и многочисленные союзники и вассалы. К армии примкнули отряды правителя Халеба и трапезундского императора. В рядах защитников Анатолии были замечены абхазский князь Дардин Шервашидзе и армянский царевич Ван. Особое место занимали наемники-«франки» — две тысячи закаленных бойцов под предводительством Иоанна с Кипра и Бонифация из Генуи, а также тысячный отряд из Никейской империи.
Источники того времени рисуют фантастические картины численности войск Кей-Хосрова: грузинские хроники говорят о 400 тысячах, а Гийом де Рубрук упоминает 200 тысяч всадников. Однако историки склонны доверять хронисту Ибн Биби, оценивавшему силы султана в 70 тысяч воинов. Против них Байджу-нойон выставил вдвое меньшую, но куда более дисциплинированную и опытную армию численностью около 30–40 тысяч человек.
В конце июня 1243 года армии сошлись в узком ущелье близ горы Кёсе-даг (что в переводе означает «Лысая гора»), расположенной в 60 километрах к северо-востоку от Сиваса. Сельджуки заняли тактически выгодные позиции, надеясь на свое численное превосходство и защиту горных склонов. Однако Байджу-нойон не собирался идти на лобовой штурм.
Монгольский полководец применил классическую степную хитрость — ложное отступление. Отборные части монголов, подкрепленные отрядами союзных им грузинских и армянских князей, имитировали бегство, выманивая сельджуков с их укрепленных позиций. Когда авангард султанской армии втянулся в погоню, последовала внезапная контратака. Монгольские лучники буквально засыпали противника градом стрел. Как сообщает Григор Акнерци, особенно сокрушительный удар по правому крылу сельджуков нанесли именно армянские и грузинские дружины, сражавшиеся на стороне монголов.
К вечеру 26 июня 1243 года сельджуки полностью проиграли сражение. Кей-Хосров II, видя крах своих надежд и опасаясь предательства собственных эмиров, бежал с поля боя одним из первых. Вслед за султаном в панике обратилось в бегство и все его воинство. Монголы захватили лагерь, полный роскошных палаток и провизии, а главным трофеем стало личное знамя Кей-Хосрова с изображением льва.
Поражение было тотальным. Байджу-нойон развил успех, пройдя огнем и мечом по городам Анатолии. Кайсери был стерт с лица земли за отказ сдаться, Эрзинджан захвачен хитростью, а Сивас и Тюрике открыли ворота добровольно. Кей-Хосров, укрывшийся в Конье, отчаянно пытался найти союзников среди латинского императора Балдуина II и никейского правителя Иоанна III, но получил отказ.
Султану пришлось пойти на унизительный мир. Его визирь убедил монголов, что полное завоевание страны потребует слишком много сил, и стороны сошлись на колоссальной ежегодной дани: 12 миллионов серебряных монет (иперпиров), 500 кусков дорогого шелка, 500 верблюдов и 5000 баранов. Кей-Хосров признал себя вассалом Бату-хана, главы Улуса Джучи.
Битва при Кёсе-даге запустила необратимый процесс развала государства. Сельское хозяйство пришло в упадок, поля остались невозделанными, и на Анатолию обрушился страшный голод. По дорогам потянулись толпы беженцев, ища спасения на западных границах. Авторитет центральной власти пал настолько низко, что вскоре появился самозванец, выдававший себя за сына покойного Кей-Кубада I. Его восстание было подавлено, а сам он повешен в Алайе, но это не остановило деградацию власти.
После смерти Кей-Хосрова II в 1245 году на трон взошли его малолетние сыновья, ставшие марионетками в руках придворных клик и монгольских наместников. Применяя политику «разделяй и властвуй», монголы окончательно задушили самостоятельность сельджуков, что к концу XIII века привело к полному исчезновению Конийского султаната с политической карты мира.
