Он родился 14 февраля 1483 года в Андижане, столице Ферганского удела, в семье эмира Умар-Шейха-мирзы II. По отцовской линии Бабур был прямым потомком Тамерлана, являясь правнуком его третьего сына, Миран-шаха. По материнской линии он имел чингизидские корни, его мать, Кутлуг-Нигар-ханым, была дочерью правителя Могулистана Йунус-хана, который был воспитан знаменитым историком Тамерлана Шараф ад-Дином Али Йазди. Такое двойное происхождение давало Бабуру претензии на наследие как великих тюркских завоевателей, так и монгольских ханов.
Родным языком для Бабура был чагатайский, на котором он и написал свою знаменитую автобиографию «Бабур-наме». Он с гордостью отмечал, что жители его родного Андижана все были тюрками, и их говор был схож с литературным. Помимо тюркского, он свободно владел персидским.
В 1494 году, в возрасте всего 12 лет, Бабур унаследовал Ферганский удел после случайной смерти своего отца. С самого начала его правление было отмечено амбициозным стремлением объединить все земли Тимуридов в Мавераннахре. В 1497 году после семимесячной осады ему удалось захватить Самарканд, бывшую столицу империи Тамерлана, но он был вынужден его оставить из-за междоусобиц и отсутствия поддержки.
В борьбе за власть в Мавераннахре Бабур столкнулся с сильным противником опытным полководцем Мухаммедом Шейбани-ханом, который возглавлял кочевые узбекские племена. После череды поражений Бабур в 1504 году был вытеснен из Средней Азии, но он смог захватить Кабул, который стал для него новой базой. Он с горечью писал в своих мемуарах: «Почти сто сорок лет столичный город Самарканд принадлежал нашему дому, неизвестно откуда взявшийся узбек, чужак и враг пришел и захватил его!».
В 1511 году Бабур предпринял последнюю отчаянную попытку вернуть Самарканд и Бухару после того, как он узнал о смерти Шейбани хана. Для этого он был вынужден вступить в союз с сефевидским шахом Исмаилом I, который был шиитом, в то время как Бабур придерживался суннизма. В обмен на военную помощь Бабур согласился стать вассалом шаха, чеканить монеты с его именем и даже надеть кызылбашский наряд, что вызвало недовольство суннитского населения Мавераннахра. Хотя ему удалось на семь месяцев вернуть Самарканд, в мае 1512 года его войска были разбиты узбеками под Бухарой, и он навсегда покинул Мавераннахр, оставив свои претензии на Центральную Азию.
Потерпев окончательное поражение в борьбе за родину, Бабур обратил свои амбиции на юг, решив создать новое государство в Индии. С 1519 года он начал совершать походы из Кабула в Северо-Западную Индию. Поворотным моментом стал 1526 год, когда он, откликнувшись на призыв союзника, вторгся в Индию. В битве при Панипате в апреле 1526 года армия Бабура, насчитывающая около 15 000 человек, с применением артиллерии разгромила превосходящие силы делийского султана Ибрахим-шаха Лоди, который имел до 1000 боевых слонов.
Эта победа стала ключевой. В 1527 году Бабур разбил раджпутского князя Санграм Сингха, а в 1529 году армию Бенгальского султаната. В своих битвах он успешно использовал огнестрельное оружие и заимствованные у узбеков тактические приёмы. Перенеся центр своей власти в Агру, он основал новое государство, которое европейцы назвали империей Великих Моголов.
Бабур был не только великим полководцем, но и талантливым писателем, поэтом и учёным. Его знаменитая автобиография «Бабур-наме» считается первым образцом этого жанра в исторической литературе исламского мира. В ней он с удивительной искренностью описывает события своей жизни, нравы, обычаи и географию тех мест, где он побывал. Его стихи, написанные на тюркском языке, наполнены глубокими чувствами и переживаниями, особенно тоской по утраченной родине:
Ты на чужбине — и забыт, конечно, человек!
Жалеет только сам себя сердечно человек.
В своих скитаньях ни на час я радости не знал!
По милой родине скорбит извечно человек.
Бабур также был автором трудов по мусульманскому праву, поэтике и военному делу. Он умер 26 декабря 1530 года в Агре, вероятно, от дизентерии. Перед смертью он разделил свои владения между четырьмя сыновьями, оставив индийские земли старшему сыну Хумаюну. По его завещанию, останки Бабура были перенесены в Кабул и похоронены в саду, который он сам основал, где позже был возведён мавзолей.
