После того как Российская империя завоевала Ферганскую долину, первое время в регионе воцарился мир. Местное население с удивлением обнаружило, что новая власть не вмешивается в их традиционный уклад жизни, не притесняет мечети и не препятствует торговле. Однако этот период относительного спокойствия не изменил общего настроя. Со временем первоначальный страх перед завоевателями прошёл, и местное население, склонное к бунтам, стало более восприимчиво к антироссийской пропаганде, которую активно вели исламские священнослужители.
Организатором восстания был Мухаммед Али ишан, по прозвищу Дукчи-ишан. Он был неграмотным человеком из бедной семьи, но, совершив паломничество в Мекку и став преемником видного суфия, обрёл огромное влияние среди местного населения. Его сторонники активно распространяли слухи о том, что ему предначертано стать освободителем своего народа.
Несмотря на слухи о готовящемся восстании, русская администрация не придавала им значения, так как подобные сообщения часто оказывались ложными. Тем временем ишан и его сообщники разрабатывали план, согласно которому мятежники должны были ночью напасть на казармы в Маргилане, Оше и Андижане, захватить города и восстановить Кокандское ханство. Дукчи-ишан обещал своим последователям волшебные палочки, которые должны были защитить их от пуль русских солдат. Он уверял, что ружья русских будут стрелять водой, а сами солдаты падут от его руки. Кроме того, он утверждал, что ему помогут турецкий султан, афганский эмир и англичане.
Около 7 часов вечера 17 мая 1898 года в усадьбе ишана собралось около 900 сторонников, готовых к выступлению. Сам Дукчи-ишан, одетый в зелёное одеяние, возглавил конное и пешее войско, которое двинулось к Андижану. По пути к ним присоединялись новые сторонники, а два встретившихся русских торговца были зверски убиты.
Мятежники рассчитывали на внезапность. Они узнали, что лагерь 4-й роты Туркестанского линейного батальона состоял всего из 52 человек и не имел стен. Подобравшись к казармам, они убили часового и начали избивать спящих солдат палками и резать ножами. Один унтер-офицер смог вырваться и поднять тревогу в соседней 5-й роте. Молодой поручик, спавший в лазарете, открыл огонь из револьвера.
Когда на помощь прибыла 5-я рота, она открыла огонь из винтовок, и, вопреки обещаниям ишана, ружья стреляли не водой. За 15 минут бой был окончен. Мятежники, поверившие в нерушимость волшебства, были разгромлены. На поле боя осталось 18 убитых мятежников, а 22 русских солдата были убиты и 19 тяжело ранены.
Уже на следующий день Дукчи-ишан и его ближайшие соратники были арестованы. Из 777 задержанных мятежников 417 предстали перед судом. Из них 19 человек, включая ишана, были приговорены к смертной казни. 13 июля 1898 года Мухаммед Али ишан и пятеро его помощников были повешены в Андижане. Многие приговорённые были помилованы и отправлены на каторгу.
Допрос ишана показал, что он руководствовался личными обидами на новую власть, а также стремлением восстановить Кокандское ханство, чтобы стать его единоличным правителем. Его ближайшими соратниками оказались пожилые люди, служившие ещё при кокандском хане, что свидетельствовало о том, что они были движимы ностальгией по старым порядкам.
Подавление восстания сопровождалось карательными мерами. По решению императора Николая II, жители ряда кишлаков, участвовавших в нападении, были переселены, а их земли переданы под русские поселения.
Андижанское восстание, хоть и было быстро и жестоко подавлено, стало знаковым событием. Оно показало, что, несмотря на кажущийся мир, в регионе сохранялись сильные антиколониальные настроения. В Петербурге и Ташкенте развернулись бурные дискуссии о причинах мятежа. Многие, включая авторитетного генерала М. А. Терентьева, связывали его с ослаблением контроля военных над регионом, недостаточным вниманием к деятельности мусульманского духовенства и незнанием русской администрацией местных обычаев и языков.
Это восстание стало последним крупным вооружённым конфликтом в Туркестане до событий 1916 года.
