Кейхюсрев IIнин 1236–1237-жылдары такка отурушу коркунучтуу ушактар менен көлөкөдө калган. Ал такты жөн гана мурастап алган эмес, улуу атасынын эрте өлүмүнө да тиешеси бар, ууландыруу кутумуна аралашкан деп эсептелген. Султан болгондон кийин Кейхюсрев дароо династиялык байланыштарды бекемдөөгө киришкен: ал карындашын Айюбиддер династиясынан чыккан Халеб башкаруучусунун уулу Малик Азизге күйөөгө берген, өзү болсо анын кызын аялдыкка алган. Кийин анын гаремин Тамар толуктаган. Ал Гүржү Хатун деген ат менен белгилүү болгон — грузин ханышасы Русудандын кызы, анын образы ошол мезгилдин маданияты менен искусствосунда олуттуу из калтырган.
Бирок үйлөнүү союздарынын жаркыраган көрүнүшүнүн артында жаш монархтын алсыз мүнөзү жашынып турган. Кейхюсрев II Саад ад-Дин Көпектин толук таасири астында калган. Ал такка жол ачып берген дымактуу жана ырайымсыз ак сөөк болгон. Биринчи министр болгондон кийин Көпек террор жүргүзө баштаган: анын каалоосу боюнча көрүнүктүү мамлекеттик ишмерлер жана аскер башчылар өлүм жазасына тартылып, алардын мүлкү кудуреттүү эмирдин колуна өткөн. Бул саясат мамлекеттин башкаруу аппаратын кансыраткан. 1239-жылы гана султан өзүнүн фаворитинин деспотизминен тажап, аны жок кылууга уруксат берген. Көпек Сивастын эмири Хюсамеддин Каража тарабынан өлтүрүлгөн, бирок туруксуздуктун үрөнү буга чейин эле өнүп чыккан.
Башында султандык дагы эле жеңилбестей көрүнгөн. Кейкубад I түзүп кеткен аскердик инерция Диярбакыр жана Тарстагы жеңиштерге жетүүгө мүмкүндүк берген. Киликиялык Армения, Трапезунд империясы жана Халеб башкаруучулары расмий түрдө өздөрүн Кейхюсрев IIнин вассалдары деп таанышкан. Бирок бул тышкы ийгиликтин кабыгынын астында социалдык чыңалуу күчөп жаткан.
Качкындардын — алдыга жылып келе жаткан монголдордон качкан түрк көчмөндөрүнүн — массалык агылышы Анатолияда жарылууга даяр абалды жараткан. Адамдардын эбегейсиз көп массасы жерсиз жана жашоо каражатысыз калган. 1239-жылы бул каар суфий шейхи Баба Исхак жетектеген ири көтөрүлүшкө айланган. Өзүн «Алланын элчиси» деп жарыялап, ал шиит калкын «суннит тиранды» кулатууга чакырган. Көтөрүлүш өтө каардуу болгон: көтөрүлүшчүлөр өкмөттүк аскерлерди талкалап, Амасьяны басып алышкан. Султанга зор күч-аракет жана укмуш ырайымсыздык менен гана козголоңду басууга мүмкүн болгон. Көтөрүлүштүн бардык катышуучулары жок кылынган; үч жашка чейинки балдар гана аяшкан. Бул ички кан төгүү негизги коркунучтун алдында армияны өлүмгө алып келгидей алсыраткан.
1242-жылы монгол ташкыны султандыктын чек араларына жеткен. Кол башчы Байджу-нойон чагылгандай сокку менен Эрзерумду басып алган. Жооп катары Кейхюсрев II монголдордон саны жагынан көп болгон чоң аскер топтоп, душманга каршы жүрүшкө чыккан. Чечүүчү кагылышуу 1243-жылы Кёсе-даг тоосунун жанында болгон.
Сан жагынан артыкчылыкка карабастан, сельжук армиясы деморализацияланган жана начар башкарылган эле. Салгылаш катастрофалык жеңилүү менен аяктаган. Кейхюсрев II согуштун аягын күтпөстөн Коньяга качып, өлкөнү тагдырдын эркине таштап койгон. Монголдор тоскоолдуксуз Сивасты, Кайсерини жана Эрзинджанды ээлешкен. Султандык тизе бүгүүгө мажбур болгон.
Бийликтин жок дегенде сырткы көрүнүшүн сактап калуу үчүн Кейхюсрев кемсинткен тынчтык шарттарына барууга мажбур болгон. Ал Жучи Улусунун башкаруучусу Бату-ханга вассалдык көз карандылыкты таануу үчүн элчилерди жөнөткөн. Монголдорго жыл сайын төлөнүүчү салык көтөрүүгө мүмкүн болбогон оор жүккө айланган: 12 миллион күмүш тыйын, 500 даана жибек, 500 төө жана 5000 кой. Мамлекет иш жүзүндө экиге бөлүнгөн: султан Кызыл-Ырмак дарыясынын батышындагы жерлердин үстүнөн гана бийлигин сактап калган, ал эми чыгыш аймактар монгол наместниктеринин түз башкаруусуна өткөн.
Таң калыштуусу, ушундай төмөндөө мезгилинде да Рум султандыгы европалык саякатчыларды өзүнүн байлыгы менен таң калтырган. 1248-жылы Кипрге келген Жан де Жуанвиль Икония, башкача айтканда Конья султаны «каапыр падышалардын» ичинен эң байы болгон деп жазган. Кичи Азия аркылуу өткөн Симон де Сент-Кантен да бул сөздөрдү ырастап, жүздөгөн гүлдөгөн шаарлары бар падышалыкты сүрөттөгөн. Бул Кейкубад I тушунда ондогон жылдык тынчтыкта топтолгон байлык болчу, эми ал акырындык менен Каракорумга сорулуп жаткан.
Кейхюсрев II 1246-жылы каза болуп, артында карызга жана ички башаламандыкка баткан, талкаланган жана көз каранды өлкөнү калтырган. Анын башкаруусу Анатолиядагы сельжуктардын улуулугу узакка созулган төмөндөө мезгилине алмашкан чек болуп калды. Бул төмөндөө кийин бул жерде жаңы күчтөрдүн пайда болушуна шарт түзгөн.
