Мухаммед Шайбани 1451-жылы төрөлгөн. Ал Өзбекстандын хандыгын негиздеген Абулхайыр хандын небереси жана Шах Будаг-хандын уулу болгон. Апасынын аты Ак-Кози-бийим эле. Шайбани-хан жакшы билим алган, Бухарадагы медреседе окуган, ал жакта ага белгилүү суфий шейхтери Мухаммад Ҳитайи жана Жамал ад-дин Азизон сабак беришкен. Ривоят боюнча, анын устаттарынын бири шейх Мансур ага келечекте улуу башкаруучу болорун айтып, завоеволорду мамлекеттин чет-четинен баштоону кеңеш кылган, ал кийин дал ушундай жолду туткан.
Атасы эрте көз жумгандан кийин ал жана уулдаш бир тууганы Махмуд-султан чоң атасы Абулхайыр хандын жанында тарбияланышты. 1468-жылы чоң атасы кайтыш болгондон соң Өзбек хандыгы саясий туруксуздукка кабылды. Ушул маалда Шайбани-хан өзүнүн саясий ишмердигин баштап, Сырдарыя боюндагы шаарларды кайрадан өз көзөмөлүнө алууга умтулду. Ал талааларда союздаш издеп, душмандарын — казак хандары Керей менен Жаныбекти — менен күрөшүүгө аргасыз болду. 1471-жылы ал казак султандарынан жеңилип, качып кутулган.
Шайбани-хан эрк-жигиттиги, акылы жана кайраты менен айырмаланган адам эле. Ал Дешти-Кыпчак талааларында бийлик үчүн тынымсыз күрөштү. Ногой бийи Муса анын казак султандарынын таасирин алсыратуу үчүн Шайбани-ханды хан көтөрүүнү каалап, ага колдоо көрсөткөн. Бирок бул союз ага күтүлгөн жыйынтык алып келген жок.
1472-жылы Астраханда турган кезде Шайбани-хан Улуу Ордонун ханы Ахматтын жери-суусуна чабуул койгон. Ошол учурда Ахмат Русь аймагын курчап турган. Бул чабуул Ахматты Руська болгон жортуулун үзүп, кайра Волга боюнда чек араларын коргоого мажбур кылган. Натыйжада, бул окуя кийин русдардын моңгол-татар үстөмдүгүнөн бошоношуна кыйырча көмөк кылган.
1488-жылы Шайбани-хан Түркстан шаарын ээлеп, аны Мавераннахрга жортуулдардын башкы базасына айландырды. Андан кийинки жылдары ал Тимуриддерге каршы ийгиликтүү согуш жүргүзүп, алардын ички тирешин өз пайдасына колдонду. 1485-жылы ал Сыгнак, Аркук жана Үзгент шаарларын басып алды. 1490-жылдары ал Ташкенттин өкүмдары Султан Махмуд-хандын кызматына өтүп, күчүн арттырды.
1499-жылы Шайбани-хан өзүнө ишенимдүү аскер чогултуп, түштүккө жортуул баштады. Ал Тимуриддердин такты үчүн күрөшүнө аралашып, алардын аймактарын ээлей баштады. 1501-жылы ал Самаркандды түпкү түрдө каратып алып, аны мамлекетинин борбору кылды. Өзүн «өз доорунун имамы жана ыкластуу халиф» деп жарыялап, саясий да, диний да лидерлигин бекемдеди. 1503-жылы анын элчилери Мин династиясынын императорунун сарайына жетип, анын кеңири дипломатиялык байланышын далилдешти.
1507-жылы Шайбани-хан Хорасандын борбору Гератты басып алып, Тимуриддердин бийлигин кулатты. Ал Сырдарыя жээгинен тартып Кандагарга чейин, Каспий деңизинен тартып Кытайдын чек арасына чейин созулган кең аймактарды бириктирди. 1508-жылы акча реформа жүргүзүп, монеталарды бир нукка салып, экономиканы чыңдады.
Шайбани-хан жоокер гана болбостон, илим-билим менен искусствонун колдоочусу да болгон. Ал «Шибани» деген тахаллус менен түрк тилинде ыр жазган, анын диваны (ыр жыйнагы) Стамбулда сакталат. Ошондой эле ал «Бахр ул-худо» аттуу философиялык-диний эмгекти жана «Таварих-и гузида-йи Нусрат-наме» деген тарыхый эмгекти жараткан. Анын ордосунда Ирандагы диний куугунтуктан качып келген таланттуу акын-жазуучулар жана аалымдар Камал ад-дин Бинайи, Мухаммед Салих жана Фазлаллах ибн Рузбихан топтолушкан.
Шайбани-хан шаар куруу жана сугат системасын өнүктүрүүгө активдүү көңүл бурган. Ал Зарафшан дарыясына көпүрө салдырган, Каршыда чеп тургузган, Түркстан менен Самаркандда мечит-медреселерди курдурган. Самарканддагы анын медресеси совет мезгилинде бузулуп кетсе да, өз доорунда ири билим борбору болгон, ал жерде хан өзү да илимий талкууларга катышчу.
1510-жылы Шайбани-хан шиизмди мамлекеттик дин кылып жарыялап, сунниттерди куугунтуктаган сефевийлердин шахы Исмаил I тараптан жаңы коркунучка туш болду. Шах Исмаил Шайбани-хандын хазарейлерге каршы күрөшүндөгү ийгиликсиздиктерин пайдаланып, Хорасанга бастырып кирди. Негизги аскерлери Мавераннахрда турган Шайбани-хан Мерв шаарында чегинүүгө мажбур болгон.
Шах Исмаил Мервди курчаган, бирок шаарды ала алган эмес. Ал айла-амалга барып, артка чегингендей түр көрсөтүп, ханды ачык талаада салгылашка чыксын деп азгырган. Ривоятта айтылгандай, Шайбани-хандын аялы Могул-ханым аны уяткаруу иретинде: «Өзүң өзбек болуп туруп кызылбаштардан коркосуңбу!» — деп айткан экен. Провокацияга алданган Шайбани-хан беш миңдей чакан кошун менен шаардан чыкканда, буктурмага түшүп, 1510-жылдын 2-декабрында Мерв салгылашында кыйратып жеңилген жана набыт болгон.
Шах Исмаил Мухаммед Шайбанинин башын кестирип, уламыш боюнча анын баш сөөгүн шарап иччү чөйчөккө айланткан делет. Денеси Самаркандда жерге берилген. Анын мавзолейи XX кылымда бузулуп, күмбөз ташы Эрмитажда сакталууда. Анын өлүмүнөн кийин Мавераннахр менен Хорасанда бийлик шах Исмаил менен Бабурдун колуна өткөн, бирок 1512-жылы анын жээни Убайдулла хан аймакта Шайбани улусунун бийлигин кайрадан калыбына келтирген.
