1571-жылдын күздөн тарта Жер Ортолук деңизинде ошол доордун эки эң күчтүү флоту бет келишти. Ыйык лига деп аталган союз Испаниянын, Венециянын, Папа мамлекетинин жана бир катар италиялык княздыктардын бириккен деңиз күчтөрү болжол менен 300 кемеден турган, алардын ичинен 108и венециялык галералар болчу. Түрктөр үчүн өзгөчө кооптуу болгон кемелер бул 6 ири галеас, оор курал-жарак менен жабдылган жана артиллериясы күчтүү парустуу-гребнуу кемелер эле. Жалпы эсеп менен союздаш флотто 84 миңдей адам кызмат өтөгөн, алардын ичинен 20 миңи жоокерлер болчу. Алардын арасында испандыктар, италиялыктар жана немистер бар эле. Бул флотко жаш дон Хуан Австрийский жетекчилик кылган.
Аларга каршы Осмон империясынын флоту чыкты 210 галера жана 66 галиот, жалпы 88 миңдей адам. Түрк флотунун башында Муэдзинзаде Али-паша турган, бирок замандаштар анын аскердик талантынын чектелүү экенин белгилешкен. Түрктөрдүн оң канатын Мехмет Сирокко, ал эми сол канатын исламды кабыл алган италиялык пират Улудж Али башкарган. Түрк флотундагы көптөгөн деңизчилер мурда Европадан качып келгендер болгон.
1571-жылдын 7-октябры күнү таң эртеңде эки флот күтүүсүздөн Патрас булуңунун кире беришинде, Лепанто шаарынан 60 чакырым аралыкта жолугушту. Эки тарап тең тезинен сап түзүп, салгылашка даярданышты.
Христиандардын сол канатын башкарган венециялык адмирал Агостино Барбариго жээктен алыс карманып, тайыз сууга түшүүдөн сактанган. Бул түрк кол башчысы Мехмет Сироккого мүмкүнчүлүк берип, ал жээк бойлоп өтүп, венециялыктарды капталдан чабуулга алды. Бирок христиандар артыкчылыкка ээ болчу: алардын кемелеринде абордаждык жоокерлердин саны жана курал-жарагы көбүрөөк эле ар бир галерада орточо 150 жоокер болсо, түрктөрдө болгону 30–40тан гана болгон. Катуу жакын урушта түрк кемелери талкаланып, Барбариго өзү каза тапты.
Салгылаштын эң катуу жүрүшү борбордо болду. Дон Хуан Австрийскийдин флагмандык галерасы «Real» Али-пашанын флагманы «Sultana» менен кагылышты. Катуу артиллериялык атышуу жана абордаж учурунда Али-паша өлтүрүлүп, анын башы кылычка көтөрүлдү бул көрүнүш түрк деңизчилеринин арасында дүрбөлөң жаратты. Натыйжада түрк флотунун борбордук бөлүгү артка чегине баштады.
Ошол маалда түрктөрдүн сол канатын башкарган Улудж Али өтө чебер тактикалык манёвр жасады. Ал кемелерин буруп, Али-паша менен салгылаштан кийин алсырап калган союздаштардын борборуна сокку урду. Бирок бул учурда дону Хуандын жардамга чакырган резерви маркиз Санта-Крус жетип келип, ошондой эле союздаштардын оң канатынын жетекчиси Джованни Андреа Дориа да флотун айлантып, Улудж Алинин күчтөрүн курчоого алды. Абалды баалаган Улудж Али салгылаштан чыгып кетүүгө аргасыз болду, бирок кетээр алдында мальта орденинин флагман кемесин басып алууга үлгүрдү.
Жыйынтыгында түрк флоту толук талкаланды. Түрктөр 224 кемесин жоготуп, алардын 117си душманга олжо болуп түшкөн. 15 миңдей түрк жоокери жана деңизчиси, ошондой эле 10 миңге жакын грекчи кулдар каза болду. Союздаштар болсо 12 миң христиан кулун бошотушкан. Ыйык лига тараптан жоготуулар кыйла аз болгон болгону 13 галера жана 7500 өлгөн же жарадар болгон.
Бул салгылаш XVI кылымдын эң ири деңиз урушу катары тарыхка кирди жана осмон флотунун «жеңилбестиги» жөнүндөгү мифти жокко чыгарды. Битванын баатырларынын бири белгилүү испан жазуучусу Мигель де Сервантес болгон ал көкүрөгүнөн жана сол колунан жаракат алганына карабай, «Маркиза» галерасында тайманбастык менен салгылашкан.
Лепанто алдындагы жеңиш көбүнчө саясий эмес, символикалык мааниге ээ болду. Ал осмондордун Италияга кол салуусуна бөгөт коюп, бирок согуштун жалпы жүрүшүн өзгөртө алган жок. Союздаштардын ортосундагы биримдиктин жоктугунан пайдаланып, Осмон империясы кыска убакытта өзүнүн флотун кайра калыбына келтирди. 1573-жылы Венеция Осмон империясы менен тынчтык келишимине кол коюп, ага ылайык Кипр аралын өткөрүп берип, контрибуция төлөөгө макул болду. Ошентип, тактикалык жактан жаркын жеңишке карабастан, Лепанто салгылашы осмондор басып алган аймактарды кайтарып берүүгө алып келген жок.
