1860-жылдары Россия империясы Борбор Азияда кайрадан активдүү кеңейүү саясатын баштап, өзүнүн түштүк чек араларын бекемдөөнү көздөгөн. Жортуулдардын жүрүшүндө аймактагы бир катар маанилүү чептер алынган, ал эми 1867-жылы жаңы басып алынган жерлердин негизинде Түркстан генерал-губернаторлугун түзгөн.
Ошол мезгилде ички жаңжалдардан жана Бухарага көз карандылыктан алсырап турган Кокон хандыгында Худояр-хан бийликке келген. Ал күчтүү коңшусу Бухара хандыгынан чочуп, Россия менен жакындашууга аракет кылган. 1868-жылы түзүлгөн келишим боюнча Худояр-хан Россиянын бардык жаңы аймактык ээликтерин таанып, өзүнүн тышкы саясатын жүргүзүү укугунан баш тарткан.
Бирок анын ички саясаты өлкөдөгү чыңалууну күчөткөн. Көп жылдык согуштардан хан казынасы бош калгандыктан, Худояр-хан оор салыктар менен жыйымдарды киргизген, бул калктын массалык нааразылыгын туудурган. Айрыкча мурда өзгөчө абалга ээ болгон, бирок хандын бийлигине келгенден кийин саясий таасирин жоготкон кипчактар катуу жапа чегишкен. Худояр-хан негизинен отурукташкан сарттарга таянып, көчмөн элге ишеним көрсөткөн эмес.
Ташкендеги орус администрациясы элдик толкундоонун чыгуу коркунучун түшүнүп, ханга салыктарды азайтууну бир нече жолу сунуштаган. Бирок Худояр-хан бул кеңештерди четке каккан. 1875-жылы Кокондо орус дипломатиялык миссиясы келгенде абал таптакыр курчуп кетти. Жергиликтүү эл орус куралчан кошуунун көрүнүшүн хандын орустар менен тил табышканынын далили катары кабыл алып, бул окуя элдик көтөрүлүшкө жана жихад жарыялоого шылтоо болду.
Көтөрүлүштү Абдурахман-автобачи менен Пулат-хан баштаган. Худояр-хан жөнөткөн жазалоочу аскерлер толугу менен эл тарапка өтүп кетишкен. Өлүм коркунучун сезген хан орустардан башпаанек издеп качкан.
1875-жылдын август айында көтөрүлүшчүлөр ислам туусунун астында орус жерлерине кирип барып, Хожентти курчоого алышкан. Бирок полковник Савримовичтин жетекчилигиндеги гарнизон алардын бардык чабуулдарын ийгиликтүү кайтарып турган.
1875-жылдын сентябрында генерал Кауфман 16 рота, 8 жүз жана 20 замбиректен турган отряд менен Абдурахман-автобачинин 50 миң кишиден турган кошуунуна Махрам кыштагынын жанында сокку урган. Натыйжада көтөрүлүшчүлөр 2000ден ашуун адамын жоготкон, ал эми орустар болгону 6 адамдан айрылган.
Бул жеңиштен кийин орус аскерлери Коконго кирип келип, Худояр-хандын уулу Насриддин-хан менен тынчтык келишимин түзүштү. Ага ылайык, Кокон хандыгы тышкы саясат жүргүзүү укугунан биротоло ажырап, Наманган беги аймагын Россияга өткөрүп берген. Бирок бул келишим да тынчтык алып келген жок.
1875-жылдын октябрында хандыктын ичинде жаңы көтөрүлүш тутанган. Пулат-хан хан деп жарыяланган, ал эми Насриддин-хан качып кеткен. Көтөрүлүшчүлөр орус гарнизондоруна кайрадан кол салышкан, бирок бул ирет күчтүү каршылыкка туш болушкан.
Ошол маалда генерал Михаил Скобелев көтөрүлүштү басуу кампаниясын жетектеп калган. Ал Балыкчы жанында кипчактарды талкалап, Андижанды чабуул менен алган.
Абдурахман-автобачи акыры багынып, Пулат-хан кармалып, жазаланган.
1876-жылдын январында генерал Кауфман император Александр IIден Кокон хандыгын толук жоюу боюнча уруксат алган. 20-февралда императордук указ жарыяланып, анын аймагы Россия империясынын курамына Фергана облусу катары кошулган. Анын биринчи аскер губернатору болуп Михаил Скобелев дайындалган.
Хандыктын жоюлушу менен Россия өзүн анын укуктук мураскери деп жарыялаган. Бул Фергана өрөөнү менен бирге мурда Кокондун карамагында болгон Памир этектериндеги түштүк Кыргызстан аймактарынын да Россияга өтүшүн билдирген.
Ошентип, Кокон көтөрүлүшү элдин популярдуу эмес хандын саясатына каршы чыгышы катары башталып, Кокон хандыгынын толук көз карандысыздыгын жоготушуна жана анын аймагынын Россия империясына кошулушуна алып келген.
