Хубилай 1215-жылы төрөлгөн. Анын атасы Чыңгыз хандын улуу уулдарынын ичинен төртүнчүсү болгон Толуй эле. Апасы — кереит-тектүү, несториандык христианчылыкты карманган Сорхахтани-бэки. Ал акылмандыгы менен даңкталып, уулдарын жогорку билимдүүлүк жана прагматизм рухунда тарбиялап өстүргөн. Хубилай Толуй менен Сорхахтани-бэкинин жалгыз уулу эмес: анын бир туугандары Мункэ, Хулагу жана Ариг-Буга болгон.
Хубилай аскер башчы катары жолун агасы Мункэнүн аскеринде баштаган; Мункэ 1251-жылы улуу хан болуп тагына отурган.
Мункэ Хубилайга Түндүк Кытайда багынтылган бардык аймактарды башкарууну тапшырды. 1252-жылы ал полководец Урианхадай менен бирге Түштүк Кытайдагы Сун империясына каршы аскерий жортуул баштаган. 1253-жылы Хубилай Юньнань провинциясындагы Дали падышачылыгын багынтып, монголдорго Сун империясын чөйрөлөп курчоого шарт түздү.
Түндүк Кытайга кайткандан кийин Хубилай Кайпин шаарын негиздеп, аны өзүнүн жайкы резиденциясы Шанду (же Занаду) кылган. 1258-жылдын аягында монголдор Сунга каршы чабуулун улантты, Хубилай болсо эки кол менен Янцзы дарыясына жөнөтүлдү. 1259-жылы Учан шаары курчоодо турган учурда ал Мункөнүн каза болгонун укту. Бул окуя аны убактылуу тынчтыкка барууга мажбурлап, бийлик үчүн күрөшкө катышуу үчүн шашылыш Каракорумга кайтуусуна себеп болду.
Мункөнүн өлүмү Хубилай менен анын бир тууганы Ариг-Буганын ортосундагы ич ара согушка алып келди. Кайпиндеги курултай Хубилайды улуу хан деп жарыялады, бирок Ариг-Буга монгол ак сөөктөрүнүн консервативдүү бөлүгүнүн колдоосуна таянып, бул чечимди талашка салды. Жарандык согуш 1260–1264-жылдары уланды. Ушул кармаштарда Хубилай 1260-жылы Монголь империясынын борборун Каракорумдан Дадуга (азыркы Бээжин) көчүрдү. Анын стратегиясы Ариг-Буганы дыйканчылык аймактарынан азык-түлүк менен камсыздоодон обочолоп коюуга негизделген. 1262-жылга карата Хубилайдын союздаштары, анын ичинде Кадан, бир катар маанилүү аймактарда жеңишке жетишип, Ариг-Буга Енисей өрөөнүнөн башка дыйканчылык аймактарынан ажырап калды. Акыры, Ариг-Буга 1264-жылдын 21-августунда багынып берди. Хубилай алгач бир тууганына жумшак мамиле кылганы менен, өз тарапташтарын тынчтандыруу үчүн анын он тарапкерин өлүм жазасына тартууга аргасыз болду; Ариг-Буга 1266-жылы туткунда каза болду.
Жарандык согушта жеңгенден кийин Хубилай Түштүк Кытайды багынтуу боюнча башкы максатына кайтып келди. 1261-жылдан тартып ал Кытай калкын тынчтандыруу саясатын жүргүзүп, туткунга түшкөн соодагерлерди бошотуп, Сун армиясынан тарап өткөндөргө сыйлыктарды ыйгарды. Аскерий кампания Сянъян чебинин узакка созулган курчоосу менен башталып, ал 1267-жылы коюлуп, 1273-жылы чеп кулады. Мунун артынан башкы колбашчы болуп Баян дайындалып, 1276-жылы Сун империясынын борбору Ханчжоуну басып алды. Бирок каршылык 1279-жылга чейин уланып, Ямыньдеги деңиз салгылашында Сун флоты талкаланып, акыркы император Чжао Бин каза тапты.
1271-жылы Хубилай Кытайдагы бийлигин легитимдеш үчүн Юань («Башталыш») девизин кабыл алып, Юань империясын негиздеди. Ал Бирма, Камбоджа жана Кореяны баш ийдирди, бирок Вьетнамга жана 1274 жана 1281-жылдары Японияга жасаган эки жортуулу оор жеңилүү менен аяктап, монголдордун жеңилбестиги жөнүндөгү мифти жокко чыгарды.
Ички башкарууда Хубилай акылмандык жана диндерге кеңири мамиле кылуу (толеранттуулук) көрсөттү. 1291-жылы ал империяны 12 провинцияга бөлдү. Буддизмди колдоп, ошондой эле венециялык саякатчы Марко Поло сыяктуу мусулмандарга жана христиандарга сарай кызматында иштөөгө мүмкүндүк берген.
Ошентсе да, 1279–1280-жылдары ал ислам жана иудаизм салттары боюнча мал союуну (халал жана кашрут) өлүм жазасына тартуу жөнүндө, ошондой эле сүннөткө (чемчилөөгө) тыюу салуу тууралуу жарлыктарды чыгарды, анткени бул адаттар монгол салтына каршы келет деп эсептелген. Хубилай өз теги тууралуу унутпай, иш кагаздарын жүргүзүүгө монгол тилин киргизди жана аалым Пагба-ламага «чарчы жазуу» (Пагс-па жазмасы) түздүрдү.
Хубилайдын акыркы жылдары жеке кайгылуу окуялар менен коштолду. Анын эң сүйүктүү жубайы Чаби 1281-жылы, мураскери Чинким 1286-жылы дүйнөдөн кайтып, бул Хубилайдын саламаттыгына катуу доо кетирди. Ал арак ичүүгө жана ашыкча ичип-жешке берилип, подагра жана башка дарттарга кабылды. Хубилай 1294-жылдын 18-февралында Ханбалыкта (Бээжин) 78 жаш курагында көз жумду.
