Атасы каза болгондон кийин, 1481-жылы Баязидге такт үчүн анын иниси Жем менен күрөшүүгө туура келген. Жем жеңилип, Родосто жайгашкан госпитальерлер орденинин (Родоc рыцарларынын) колуна качып барган. Алар, андан соң Рим папасы да, аны османдарга каршы курал катары пайдаланууну көздөп, туткунда кармашкан. Бирок Баязид коркунучту нейтралдаштыруу үчүн рыцарларга да, Папага да ири суммалар төлөп, инисинин бошотулбай турушун камсыз кылган. Акыры Жем туткундукта көз жумган; айрым баяндоолор боюнча ал Баязиддин буйругу менен ууландырылган.
Атасынын тынымсыз согуштарына карама-каршы, Баязид II тынчтыкка жана ички туруктуулукка умтулуусу менен белгилүү болгон. Ал мамлекетти бекемдөөгө көңүл буруп, мураскерлеринин кийинки жортуулдарына база түзө алды.
Мынчалык тынчтыкка карабай, Баязид II империянын таасирин күчөтүү үчүн аскер кампанияларын да жүргүзгөн. Анын доору Венгрия, Польша, Венеция, Мисир жана Персия менен болгон согуштарга дал келди.
Баязид II Морейдагы бир нече жортуул аркылуу Чыгыш Жер Ортолук деңизиндеги осман үстөмдүгүн бекемдеди. 1499–1503-жылдардагы төрт жылдык түрк-венеция согушунун натыйжасында ал венециялык күчтөрдү жеңип, бүт түштүк Грекияны каратып алды. Далмациядагы венециянын акыркы ээликтерин алуу да Венгрияга карай боло турган келечектеги жүрүштөр үчүн стратегиялык турумдарды камсыздады.
Чыгышта Баязид 1501-жылы Каратеңиздин чыгыш жээгин ээлеп, деңиз үстүнөн толук көзөмөл орноткон. Ал Сирия менен Мисирдеги мамлюктер, ошондой эле Ирандагы жаңы Сефевийлер династиясы менен тирештерге туш болуп турса да, аларды ачык согушка жеткирген жок.
Баязид II бийлигиндеги эң эсте каларлык окуялардын бири — диний көчкөндөргө болгон мамилеси. 1492-жылы Испания инквизициясы еврейлер менен мусулмандарды кууп чыкканда, Баязид II өзүнүн адмиралы Кемаль-реис баштаган флотун Испанияга жөнөттү.
Флот миңдеген качкындарды эвакуациялап, аларга осман жерлеринде башпаанек берди. Султан испан монархтары Фердинанд II менен Изабелла Iни «өз өлкөсүн акылдуу жарандарынын айынан кедейлетип, менин өлкөмдү байытып жатышат» деп шылдыңдаган делет. Ал-Андалус аймагынан келген мусулмандар менен сефард еврейлери Осман империясынын экономикасы менен маданиятына чоң салым кошуп, жаңы идеяларды, технологияларды жана өнөрлөрдү алып келишти. Маселен, Константинополдогу алгачкы басмакана дал ушул сефард еврейлери тарабынан 1493-жылы ачылган.
Баязид IIнин бийлигинин акыркы жылдары анын уулдары Селим менен Ахмеддин такт үчүн күрөшү менен көлөкөлөндү. 1509-жылы Константинополдогу күчтүү жер титирөөдөн кийин бул тиреш курчуду. Ахмед Караманды ээлеп, борборго умтулду. Андан кооптонгон Селим Фракияда көтөрүлүш көтөрдү. Янычарлардын колдоосу менен Селим Крымдан кайтып келип, 1512-жылдын 25-апрелинде атасын такттан баш тартууга аргасыз кылды.
Баязид II 1512-жылдын 26-майында, такттан кеткенден бир ай өтпөй, Дидимотико шаарына бараткан жолунда каза болгон; айрым маалыматтар боюнча ал ууландырылган. Ал Стамбулда өзү курдурган мечиттин жанындагы күмбөзгө коюлган. Баязид мураскери Селим Iге ички жактан туруктуу, күчтүү мамлекетти калдырып, жаңы чоң завоеволорго жол ачты.
