Россия империясы Фергана өрөөнүн басып алган соң, алгачкы жылдары бул аймакта тынчтык орногонсуп көрүндү. Жергиликтүү эл жаңы бийлик алардын салттуу жашоо образын бузбаганына, мечиттерге жана соодага кийлигишпегени үчүн таң калган. Бирок бул салыштырмалуу тынч мезгил элдин маанайын түп-тамырынан өзгөрткөн жок. Убакыт өтүп, элдин жаңы бийликтен коркуусу жоголгондо, антироссиялык үгүттөргө көбүрөөк ишенчү болуп калды. Бул үгүттөрдү ислам дининин өкүлдөрү молдолор жана ишандар активдүү жүргүзүштү.
Көтөрүлүштүн уюштуруучусу Мухаммед Али ишан, эл арасында Дукчи-ишан деген ат менен белгилүү болгон. Ал сабатсыз, жарды үй-бүлөдөн чыккан, бирок Меккеге зыярат жасап, белгилүү суфийдин жолун улап, эл арасында зор кадыр-баркка жеткен. Анын тарапкерлери эл арасында «ишан элди куткара турган адам» деген ушактарды жайылтышкан.
Көтөрүлүш даярдалып жатканы тууралуу ушактар жүргөнү менен, орус администрациясы бул кабарларга маани берген эмес, анткени мындай «коркунучтар» мурда да көп жолу текке чыккан. Ошол эле учурда ишан жана анын жакын жолдоочулары майда-чүйдөсүнө чейин план түзүп жатышкан. План боюнча, көтөрүлүшчүлөр түн ичинде Маргилан, Ош жана Андижан шаарларындагы гарнизондорго кол салып, бул шаарларды басып алышы керек болчу. Максат Кокон хандыгын кайра жандандыруу эле. Дукчи-ишан өз тарапкерлерине «орус огунан сактай турган сыйкырдуу таякчалар» таратып, аларды кереметке ишендирген. Ал «орус мылтыктары суу атышат, аскерлери өзүнөн өзү өлөт» деп ишендирген. Ошондой эле Түркиянын султаны, Афганстандын эмири жана англиялыктар ага жардам берет деп билдирген.
1898-жылдын 17-майында кечки саат 7 чамасында ишандын үйүнө 900дөй жактоочусу чогулган. Дукчи-ишан жашыл халат кийип, жөө жана атчан топту баштап, Андижан тарап жөнөгөн. Жолдо ага дагы жаңы тарапкерлер кошулуп турган. Алар жолдон чыккан эки орус соодагерин мыкаачылык менен өлтүрүшкөн.
Көтөрүлүшчүлөр негизги үмүттү күтүлбөстөн чабуул коюуга артканы менен, алардын планы ишке ашкан жок. Алар Андижандагы Түркстан линиялык батальонунун 4-ротасы болгону 52 жоокерден туруп, дубалсыз лагерьде жайгашканын билишкен. Алар жакындап келип, караулчуну өлтүрүп, уктап жаткан жоокерлерге кол салышкан. Кээ бирлерин бычактап, кээ бирин таяк менен уруп өлтүрүшкөн. Бирок бир унтер-офицер качып чыгып, коңшу 5-ротага кабар берген. Госпиталда уктап жаткан жаш поручик да дароо револьвер менен ок чыгарган.
5-рота жардамга жеткенде винтовкадан ок ачып, ишандын «керемети» жалган экенин көрсөттү мылтыктардан суу эмес, ок учуп жаткан эле. Бар болгону 15 мүнөттүн ичинде салгылаш бүттү. Көтөрүлүшчүлөр толугу менен талкаланып, талаада 18 өлүк калган. Орус тарабынан 22 адам өлүп, 19у оор жаракат алган.
Эртеси эле Дукчи-ишан жана анын жакын жардамчылары кармалган. Жалпысынан 777 адам туткунга алынып, алардын 417си сотко тартылган. 19 адам, анын ичинде ишандын өзү, өлүм жазасына тартылган. 1898-жылдын 13-июлунда Мухаммед Али ишан жана анын 5 жардамчысы Андижанда асып өлтүрүлгөн. Калган көпчүлүгү каторгага айдалган же кечирим берилген.
Ишандын сурагы анын жеке өч алуу сезими жана Кокон хандыгын кайра жандандырып, өзү падыша болуу ниети менен аракет кылганын көрсөттү. Анын эң жакын жардамчылары мурдагы кокондук кызматкерлер болуп, аларды «эски тартипти» сагынуу сезими жетектеген.
Көтөрүлүштү басуу жазалоо чаралары менен коштолгон. Император Николай IIнин буйругу менен көтөрүлүшкө катышкан бир нече кыштактын эли башка жактарга көчүрүлүп, алардын жерлери орус келгиндерине берилген.
Андижан көтөрүлүшү тез жана катуу басылганына карабай, тарыхта маанилүү окуя болуп калды. Ал аймактагы эл арасында антиколониалдык маанайдын дагы деле күчтүү экенин көрсөттү. Петербург менен Ташкенде бул окуянын себептери боюнча чоң талаш-тартыштар жүргөн. Айрым белгилүү аскерлер, анын ичинде генерал М. А. Терентьев, көтөрүлүштүн чыгышын аскердик башкаруунун алсырашынан, мусулмандардын диний ишмердүүлүгүнө көз салуунун жетишсиздигинен жана орус администрациясынын жергиликтүү элдин тили менен каада-салттарын билбегенинен көрүшкөн.
Бул көтөрүлүш 1916-жылдагы улуттук боштондук кыймылга чейинки Түркстандагы акыркы ири куралдуу баш көтөрүү болгон.
